集团设有理事会，由集团母公司和16户子公司法定代表人组成，理事长由长白山森工集团有限公司董事长担任。长白山森工集团有限公司母体（含白河、汪清2户分公司）作为集团的核心企业，受延边州政府委托行使国有资本出资人职能，与所辖的2户分公司、12户全资子公司和2户参股公司之间以产权关系为纽带形成了法人治理机制。

14户分子公司中，有10户国有森工企业、1户森林经营局、3户林产工业加工企业。长白森工集团有限公司按《公司法》及《公司章程》，设立了由董事会、监事会、经理层构成的法人治理结构，董事长为公司的法定代表人。